Se realizó un estudio observacional descriptivo, para determinar la incidencia de infección de Chlamydia trachomatis en 244 mujeres con secreción vaginal que acudieron al Laboratorio de Microbiología del Hospital “Provincial Docente Saturnino Lora” procedentes de las diferentes áreas de salud del municipio Santiago de Cuba, la población de estudio fue seleccionada en las  Consultas de Sexualidad del Hospital Materno Norte y de Infertilidad del Hospital Clínico Quirúrgico , durante el período comprendido entre Enero –  diciembre 2009. A todas las pacientes se le realizó diagnóstico microbiológico para estudiar la positividad de Chlamydia trachomatis mediante prueba de diagnóstico rápido, se determinó la presencia de infección según área de salud y variable sociodemográficas. La positividad alcanzada fue de un 66.3% en la población estudiada, siendo mas elevada en adolescentes y mujeres jóvenes. En relación a la ocupación se obtuvo  una mayor positividad en estudiantes con (73,6%) El área de salud de mayor incidencia fue el Policlínico “López Peña (90%) seguido de “Julián Grimau (82,3%), y Armando García” (con un 80%). La cantidad de secreción vaginal así como sus características fue indistintamente  de la positividad encontrada. En relación con las mujeres positivas a Chlamydia trachomatis se evidenció asociaciones concomitante de diferentes agentes etiológicos en endocervix y vagina.